Сегодня экспозицию Музея истории евреев в России можно условно разделить на две части:
- традиционная культура – сложившиеся формы существования общины, образование, благотворительность, особенности быта, соблюдение религиозных предписаний, «священная работа» (украшение синагог и предметов религиозного культа); к этой части экспозиции следует отнести и коллекцию, представляющую традиции и культуру неашкеназских еврейских общин;
- исторические процессы – взаимоотношения евреев с обществом и властью, вклад евреев в развитие экономики, культуры и науки, опыт землеустройства евреев и попытка создания в СССР еврейской автономии.